स्थानीय अदालत ने गुरुवार को शाही जामा मस्जिद के अध्यक्ष जफर अली की अंतरिम जमानत याचिका खारिज कर दी और उनकी नियमित याचिका पर 2 अप्रैल को सुनवाई तय की। अतिरिक्त जिला न्यायाधीश द्वितीय निर्भय नारायण राय ने अंतरिम जमानत याचिका पर सुनवाई की और इसे खारिज कर दिया, अतिरिक्त जिला सरकारी वकील हरिओम प्रकाश सैनी ने बताया। उन्होंने बताया कि सुनवाई के दौरान अली के वकील ने अंतरिम जमानत की दलील दी, लेकिन अभियोजन पक्ष ने इसका विरोध करते हुए उन पर भीड़ इकट्ठा करने, हिंसा भड़काने, सार्वजनिक संपत्ति को नुकसान पहुंचाने और तथ्यों को गढ़ने जैसे गंभीर आरोपों का हवाला दिया। सैनी ने बताया कि दलीलों के आधार पर अदालत ने उन्हें अंतरिम जमानत देने से इनकार कर दिया और नियमित जमानत याचिका पर 2 अप्रैल को सुनवाई तय की। 

अली को 23 मार्च को गिरफ्तार किया गया था। उनसे 24 नवंबर को मुगलकालीन मस्जिद के कोर्ट के आदेश पर हुए विरोध प्रदर्शन के दौरान हुई हिंसा के सिलसिले में पूछताछ की गई थी। उसी दिन चंदौसी की एक अदालत ने अली की जमानत याचिका खारिज कर दी थी और उन्हें दो दिन की न्यायिक हिरासत में मुरादाबाद जेल भेज दिया था। अली के खिलाफ भारतीय न्याय संहिता की कई धाराओं के तहत मामला दर्ज किया गया था, जिसमें 191(2) और 191(3) (दंगा), 190 (सामान्य उद्देश्य के लिए किए गए अपराध के लिए गैरकानूनी सभा का प्रत्येक सदस्य दोषी), 221 (सार्वजनिक कार्यों के निर्वहन में लोक सेवक को बाधा पहुंचाना), 125 (दूसरों के जीवन या व्यक्तिगत सुरक्षा को खतरे में डालने वाला कार्य), 132 (लोक सेवक को कर्तव्य निर्वहन से रोकने के लिए हमला या आपराधिक बल का प्रयोग), 196 (धर्म, जाति, जन्म स्थान, निवास, भाषा आदि के आधार पर विभिन्न समूहों के बीच दुश्मनी को बढ़ावा देना), 230 (मृत्युदंड योग्य अपराध के लिए दोषसिद्धि हासिल करने के इरादे से झूठे साक्ष्य देना या गढ़ना) और 231 (आजीवन कारावास या कारावास से दंडनीय अपराध के लिए दोषसिद्धि हासिल करने के इरादे से झूठे साक्ष्य देना या गढ़ना) शामिल हैं। 

अली के खिलाफ सार्वजनिक संपत्ति क्षति निवारण अधिनियम के प्रावधानों के तहत मामला दर्ज किया गया है। अली ने आरोपों से इनकार किया है और दावा किया है कि उसे फंसाया गया है। अली के बड़े भाई ताहिर अली ने आरोप लगाया कि पुलिस ने न्यायिक पैनल द्वारा उसकी गवाही दर्ज करने से पहले ही उसके भाई को “जानबूझकर” जेल भेज दिया। उत्तर प्रदेश सरकार ने सर्वेक्षण को लेकर विरोध प्रदर्शन के दौरान हुई हिंसा की जांच के लिए एक पैनल का गठन किया जिसमें चार लोग मारे गए और कई घायल हो गए।