केवल इस्लामिक स्टेट यानी आईएसआईएस) ही नहीं, बल्कि दो अन्य आतंकी संगठन स्टूडेंट्स इस्लामिक मूवमेंट ऑफ इंडिया (सिमी) और इंडियन मुजाहिदीन (आईएम) के भी हाल के पुणे मामले में शामिल होने का दावा किया जा रहा है। सूत्रों के हवाले से एक मीडिया रिपोर्ट में कहा गया है कि तीनों आंतकी संगठन एक साथ फिर से संगठित हो गए हैं। राष्ट्रीय जांच एजेंसी (एनआईए) ने 3 जुलाई को चार आरोपियों एक मुंबई से, एक पुणे से और दो ठाणे से गिरफ्तार किया। पुणे आतंकवाद विरोधी दस्ते (एटीएस) ने 18 जुलाई को दो को गिरफ्तार किया, जो इस्लामिक स्टेट खुरासान के लिए काम कर रहे थे। प्रांत (आईएसकेपी) एसयूएफए की शाखा है और कोथरुड से एनआईए मामले में वांछित थी। सूत्रों के मुताबिक, हज़ारीबाग़, उत्तर प्रदेश और महाराष्ट्र के मामलों के बीच सीधा संबंध सामने आ रहा है। उन्होंने कहा कि वे सभी साकिब नचान की ओर ले जाते हैं, जिन्होंने 2002-03 में मुंबई में हुए तिहरे विस्फोटों में अपनी भूमिका के लिए 10 साल की सजा काटी है। 

वे सभी आईटी, साइबर, विस्फोटक और इम्प्रोवाइज्ड एक्सप्लोसिव डिवाइस (आईईडी) में प्रशिक्षित कट्टर, उच्च श्रेणी के कट्टरपंथी हैं।

विलय हुए आतंकी संगठनों के बीच वैचारिक मतभेद थे, लेकिन उन्होंने फिर से काम शुरू करने का फैसला किया। सिमी और आईएम की भूमिका साफ नजर आ रही है।

उनके पास इराक या सीरिया से एक विदेशी हैंडलर है।

पुणे मामले में सभी को अलग-अलग समय पर फंडिंग मिली, जो आईएसआईएस की शैली से अलग है। संचालकों को नियमित विदेशी फंडिंग मिल रही है। सूत्रों का कहना है कि पिछले साल मंगलुरु ऑटो विस्फोट और चित्तौड़गढ़ से विस्फोटकों की बरामदगी से विदेशी आकाओं की मौजूदगी का साफ पता चलता है। उन्होंने कहा कि 2016 के रतलाम आईएसआईएस मामले के साथ-साथ इन दोनों मामलों के आरोपी और पुराने सिमी कट्टरपंथी छाता से जुड़े हुए हैं। बहुत सारे पुनर्चक्रित रेडिकल भी दौड़ में हैं। यहां तक ​​कि जिन लोगों को पूछताछ के बाद एजेंसियों ने छोड़ दिया या उन्हें इसमें शामिल नहीं पाया गया, वे भी समूह में शामिल हो गए। इनमें से कई आतंकी ऐसे हैं जो आतंकी मामलों में जमानत पर बाहर हैं। वे सभी जिहादी हैं और कुछ बड़ा करने की कोशिश कर रहे हैं।