मुस्लिम पक्ष ने वाराणसी कोर्ट में अर्जी दाखिल कर दावा किया कि मुगल बादशाह औरंगजेब क्रूर नहीं था। ज्ञानवापी परिसर के एएसआई सर्वेक्षण की मांग करने वाली हिंदू पक्ष की याचिका का विरोध करते हुए मुस्लिम पक्ष ने अर्जी दायर की है। मुस्लिम पक्ष ने कहा कि न तो मुगल बादशाह औरंगजेब क्रूर था, न ही उसने वाराणसी में किसी भगवान आदि विश्वेश्वर मंदिर को तोड़ा था। मुस्लिम पक्ष ने इन दावों का खंडन किया कि मुस्लिम आक्रमणकारियों ने भगवान आदि विश्वेश्वर मंदिर पर हमला किया और नष्ट कर दिया, जिसे बाद में 1580 ईस्वी में उसी स्थान पर राजा टोंडल मल द्वारा बहाल किया गया था। 

इसके साथ ही कहा गया कि वाराणसी में दो काशी विश्वनाथ मंदिरों की कोई अवधारणा नहीं है। इसके अलावा, मुस्लिम पक्ष ने मुस्लिम शासकों को आक्रमणकारियों के रूप में संदर्भित करने पर भी आपत्ति जताई है, यह दावा करते हुए कि इसे हिंदुओं और मुसलमानों के बीच नफरत पैदा करने के उद्देश्य से बनाया गया था। आवेदन में कहा गया कि मौके पर जो ढाँचा या इमारत मौजूद है, मस्जिद आलमगिरी/ज्ञानवापी मस्जिद, वहाँ हजारों साल से है, कल भी मस्जिद थी और आज भी मस्जिद है, और वाराणसी और आस-पास के जिलों के मुसलमानों के हक की बात है। बिना किसी प्रतिबंध के, नमाज पंजगाना और नमाज जुमा और नमाज इदान की पेशकश कर रहे हैं।

मुस्लिम पक्ष ने भी अपने दावे को दोहराया कि वजूखाने के अंदर पाया गया ‘शिव लिंग’ इसके बजाय एक फव्वारा है। आवेदन में प्रार्थना की गई है कि ज्ञानवापी परिसर के एएसआई सर्वेक्षण के लिए हिंदू पक्ष की याचिका को खारिज कर दिया जाए, क्योंकि तस्वीरों से यह पता लगाया जा सकता है कि विवादित ढांचा एक मस्जिद है। इसके अलावा, आवेदन का दावा है कि आयोग द्वारा या वैज्ञानिक जांच के माध्यम से साक्ष्य का संग्रह कानून के तहत अस्वीकार्य है।