विदेश मंत्रालय (एमईए) ने उन रिपोर्टों का खंडन किया है कि कनाडा में अज्ञात बंदूकधारियों द्वारा खालिस्तान समर्थक की हत्या से कुछ महीने पहले भारत सरकार ने हरदीप सिंह निज्जर के खिलाफ एक गुप्त ज्ञापन जारी किया था। मंत्रालय ने एक बयान में कहा कि हम दृढ़ता से कहते हैं कि ऐसी रिपोर्टें फर्जी और पूरी तरह से मनगढ़ंत हैं। ऐसा कोई मेमो नहीं है। यह भारत के खिलाफ निरंतर दुष्प्रचार अभियान का हिस्सा है। विचाराधीन आउटलेट पाकिस्तानी खुफिया द्वारा फैलाए गए फर्जी आख्यानों को प्रचारित करने के लिए जाना जाता है। लेखकों के पोस्ट इस संबंध की पुष्टि करते हैं।

कई मीडिया रिपोर्टों में दावा किया गया था कि विदेश मंत्रालय (एमईए) ने अप्रैल 2023 में एक गुप्त ज्ञापन जारी कर उत्तरी अमेरिका में भारतीय वाणिज्य दूतावासों को पश्चिमी देशों में खालिस्तान समर्थकों के खिलाफ कार्रवाई शुरू करने का निर्देश दिया था। दस्तावेज़ में कथित तौर पर कनाडा के नागरिक हरदीप सिंह निज्जर सहित कई खालिस्तान समर्थकों का नाम था। कथित तौर पर खालिस्तान चरमपंथ पर कार्रवाई बिंदु शीर्षक वाले दस्तावेज़ में विभिन्न खालिस्तानी समूहों का नाम लिया गया है, जिन पर भारत विरोधी प्रचार फैलाने और उत्तरी अमेरिका में भारतीय हितों के खिलाफ आगजनी और बर्बरता करने का आरोप लगाया गया है।

मेमो में कथित तौर पर कांसुलर स्टाफ को भारतीय खुफिया एजेंसियों के साथ काम करने का निर्देश दिया गया था और कहा गया था कि प्रतिबंधित खालिस्तानी आतंकवादी समूह बब्बर खालसा इंटरनेशनल निज्जर और कई अन्य संदिग्धों से जुड़ा है। पिछले जून में कनाडा के वैंकूवर शहर में एक गुरुद्वारे के बाहर अज्ञात बंदूकधारियों ने निज्जर की हत्या कर दी थी। इस घटना के बाद भारत और कनाडा के बीच कूटनीतिक विवाद पैदा हो गया जब कनाडा सरकार ने दावा किया कि हत्या के लिए भारतीय खुफिया एजेंसियां ​​जिम्मेदार थीं।