अमेरिकी अधिकारियों के सहयोग से भारत सरकार द्वारा स्थापित एक जांच समिति ने ज्ञात आपराधिक संबंधों वाले एक व्यक्ति के खिलाफ कानूनी कार्रवाई का सुझाव दिया। गृह मंत्रालय द्वारा नवंबर 2023 में जांच शुरू की गई थी। हालाँकि, गृह मंत्रालय ने सीधे तौर पर पन्नुन की असफल हत्या की साजिश का जिक्र नहीं किया जैसा कि अमेरिका ने आरोप लगाया था। इसमें अमेरिकी अधिकारियों द्वारा साझा की गई संगठित आपराधिक समूहों, आतंकवादी संगठनों, ड्रग तस्करों की गतिविधियों की जानकारी का उल्लेख था।

खालिस्तानी आतंकवादी गुरपतवंत सिंह पन्नून की हत्या की साजिश रचने के आरोप में संयुक्त राज्य अमेरिका की एफबीआई द्वारा वांछित विकास यादव को दिल्ली पुलिस की स्पेशल सेल ने हत्या के प्रयास और अपहरण के मामले में गिरफ्तार किया था। गृह मंत्रालय ने कहा कि भारत और अमेरिका दोनों के सुरक्षा हितों को कमजोर करने वाले कुछ संगठित आपराधिक समूहों, आतंकवादी संगठनों, मादक पदार्थ तस्करों आदि की गतिविधियों के बारे में अमेरिकी अधिकारियों से जानकारी प्राप्त होने पर भारत सरकार ने नवंबर 2023 में एक उच्चाधिकार प्राप्त जांच समिति गठित की।

समिति ने खुद अपनी जांच की और अमेरिकी पक्ष की ओर से प्रदान किए गए सुरागों का भी अनुसरण किया और इसे अमेरिकी अधिकारियों से पूर्ण सहयोग मिला। इस दौरान दोनों पक्षों ने दौरे भी किए. समिति ने विभिन्न एजेंसियों के कई अधिकारियों से आगे की पूछताछ की और इस संबंध में प्रासंगिक दस्तावेज की भी पड़ताल की।